Rintisan awal pendirian Akademi Farmasi Samarinda dimulai pada saat pendirian SMA KAGAMA Samarinda pada tahun 1985. Pertemuan intensif antar dukungan moral dari PT. Kimia Farma (Tbk) dan Balai POM Samarinda menghasilan kesepakatan untuk pendirian Diploma III Farmasi.

Akademi Farmasi Samarinda didirikan pada tanggal 23 November 2001 oleh Yayasan KAGAMA (Keluarga Alumni Universitas Gadjah Mada) Kalimantan Timur berdasarkan SK. Menteri Kesehatan RI No. HK. 00.062.2.00119 dan SK. Menteri Pendidikan Nasional No.233/DO/2001 serta merupakan satu-satunya Program Diploma III Farmasi di Kalimantan Timur “Terakreditasi B LAM-PTKes Nomor : 0075/LAM-PTKes/Akr/Dip/IX/2015”.

Program Diploma III Farmasi Akademi Samarinda menjalankan kurikulum yang disusun berdasarkan realita kebutuhan di pasar tenaga kerja yang mampu menghasilkan lulusan yang memiliki kemampuan bekerja di bidang farmasi dengan didasari kemampuan analisis dasar, inovasi dan penerapan teknologi dan berhasil guna secara maksimal baik secara praktis maupun teoritis.