Program pendidikan mengacu pada kurikulum yang ditetapkan oleh Kementerian  Kesehatan dan dalam penyusunannya memperhatikan ketentuan yang ditetapkan oleh Kementerian  Pendidikan Nasional.  Kondisi nyata di lapangan melalui perwakilan pengguna tenaga kesehatan atau pasar kerja, dan organisasi profesi serta perubahan/perkembangan yang terjadi.

Jenis mata kuliah dikelompokkan sesuai dengan Kepmendiknas No.232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi.

Pada awal pelaksanaan Program Diploma III Farmasi, proses belajar dijalankan dengan berpedoman pada kurikulum tahun 1997 dengan beban studi 110 satuan kredit semester (110 SKS).

Adanya perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kesehatan menuntut dilakukannya penyesuaian kurikulum tahun 1997 dengan menambah beban studi praktek dan mengurangi beban studi teori dengan komposisi teori     40 % dan praktek 60 %. Total SKS yang harus diselesaikan selama 6 semester adalah 115  SKS.

KEGIATAN PRAKTIKUM AKADEMI FARMASI SAMARINDA
Semester I 1. Farmasetika Dasar
2. Biologi Farmasi
3. Bahasa Inggris I
4. Kimia Dasar
Semester II 1. Mikrob. Farmasi dan Parasitologi
2. Farmasetika I
3. Bahasa Inggris II
4. Kimia Organik
Semester III 1. Farmasetika II
2. Fisika Farmasi
3. Kimia Farmasi I
4. Perilaku dan Etika Profesi
5. Instrumen Farmasi
6. Komputer
Semester IV 1. Praktek IKM
2. Farmakognosi I
3. Farmakologi II
4. Kimia Farmasi II
5. K3 (Kesehatan dan Kesel. Kerja)
6. Teknologi Farmasi
7. Pengadaan Manajemen Farmasi
Semester V 1. Farmakognosi II
2. Farmasi Rumah Sakit
3. Metodologi Penelitia
4. Alkes
Semester VI 1. Praktek Kerja Lapangan
2. Rumah Sakit
3. Puskesmas
4. Apotik
Sehingga selama pendidikan 6 ( enam ) semester ada 28 (dua puluh delapan) praktikum di laboratorium  dan praktek lapangan.